O último fecha a porta

Todas as que registes como despesas de saúde ou da parte do IVA (restaurantes, oficinas, veterinários...) que tenham mais de 1 CAE, tens de ser tu a escolher para que servem. Ao fazeres essa escolha, terás de guardar as facturas durante 4 anos... na legislação é assim. Na realidade, só te chamam lá para conferir as facturas, se apresentares valores muito altos. Se apresentas 100 ou 200 euros em despesas de saúde feitas num hipermercado (e tiveres retenção de IRS que te vale o reembolso ou redução do pagamento) é provável que tenhas de comprovar aquelas despesas.
O mesmo se passa se apresentares 1000 euros de despesas com refeições num hipermercado.
As que sejam logo indexadas, podes deitar fora. As que registes manualmente, se existirem divergências, chamam-te lá antes de Julho do ano seguinte, onde tens de entregar as que registaste para confirmar que a empresa não as registou. (Neste momento só vale a pena perder tempo a registar facturas, caso sejam passadas em livros de facturas manuais. As informáticas, são muitíssimo raras as que não chegam ás finanças, é perda de tempo estar a fazer o registo manual. É mais fácil esperares que apareçam e escolheres para onde vão. Se fizeres as contas antecipadamente, vais descobrir que 9 em 10 vezes que dás o NIF não te vale de nada para o IRS...)

Eu só dou quando tenho beneficio, exceto na vodafone, água e outras que já vem automaticamente (agora que penso nisso, a EDP não vem no e-fatura nem a via verde ...).

Não sabia disso, mas o contribuinte está desgraçado se vai guardar cada fatura de alimentação do supermercado. Acho que não faz sentido pois penso que SAFT é declarado o artigo vendido, ou a sua natureza.
Já deitei a fatura fora, eram 6 €. Por 1,80 € não me vou estar a chatear, embora o correto seria saúde.

Por esse valor podes esquecer a factura... ninguém te pergunta nada.
As finanças usam as regras de "critérios selectivos". Se tens pouco IRS retido, eles nem se importam. Se apresentas muitas despesas, sem existir outra informação no estado, é que te chamam para ires lá explicar (por exemplo: fazeres um tratamento dentário onde gastas 4000 euros, é uma das razões para te pedirem para ver a factura, mesmo tendo o registo no E-factura, mesmo que esteja identificado como despesa de saúde de uma clínica identificada como tal). De resto, nem te preocupes com isso.
As que não aparecem é porque não deste o NIF à empresa. Se consultares a factura, vê o sítio onde devia estar o NIF. Deve estar vazio. É só contactares a empresa, dares o NIF e passam a aparecer lá.

Sim, foram 6 euros. Vamos ver se deixa pôr saúde. Ainda assim não faz sentido um NIF cair em todas as categorias e mais algumas, mesmo estando fisicamente separado.

Cada empresa pode ter 5 CAE. 5 coisas que podem ser conexas ou 5 coisas diferentes. São só essas que ficam pendentes nas finanças. Depois, há outros mecanismos de controlo. Se tiveres uma factura onde exista algo a 13% já não podes declarar como saúde.
Neste momento interessa mais o volume de despesa declarada do que a qualidade.

Exato! ;)